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Review on natural products databases: where to find data in 2020，Sorokina and Steinbeck J Cheminform (2020) 12:20

天然产物是指动物、植物提取物或昆虫、海洋生物和微生物体内的组成成分或其代谢产物以及人和动物体内许许多多内源性的化学成分统称，其与药物发现，化学生态学和分子生物学等领域紧密相关，一直以来备受科学界的关注。

多年来，各种主题的天然产物数据库不断增加。2020年，德国耶拿大学(University of Jena)Steinbeck课题组发表了综述\\\"Review on natural products databases: where to find data in 2020\\\",清点了过去20年发布的120多种天然产物数据库。其中，16％已不再在线，40％是商业的，剩下是开放的NP数据库，通常专门针对特定类型。

为了方便从事天然产物化学的研究者登录使用这些在线免费数据库资源，大致分类、整理如下：

一.通用型天然产物数据库

1数据库名称：COCONUT

简介

COCONUT(COlleCtion of Open Natural ProdUcTs) 数据库是由德国耶拿大学(Friedrich-Schiller-Universität Jena)的Maria Sorokina 和 Christoph Steinbeck教授从53个不同数据库以及文献中合并整理得到。当前版本（2020年10月）包含426895个无立体化学结构的天然产物以及它们已知的立体化学形式、文献、生物来源、地理位置和各种预先计算的分子特性。COCONUT数据库是免费的，面向所有用户开放，不需要登录即可使用。其Web界面允许进行多种形式搜索（例如：分子名称，InChI，InChI key，SMILES，结构，分子式），以及分子属性、子结构和相似性等高级搜索，还能以不同格式下载整个数据库或搜索结果。还可以通过REST API (REpresentational State Transfer Application Programming Interface)查询数据库。

收录的化合物数据量
426,895(version from October 2020)
网址

https://coconut.naturalproducts.net/

2数据库名称：Super Natural II

简介
天然产物数据库Super Natural II含有325,508种天然化合物(NCs)，包括相应的2d结构、理化性质、预测毒性等级和潜在供应商等信息。
收录的化合物数据量
325,508 (Last updated: April 2018)
网址

http://bioinf-applied.charite.de/supernatural_new/index.php?site=home

3数据库名称：NPASS

简介

当前版本(V1.0)的NPASS数据库提供了从25,041个来源生物中分离出的35032种独特的天然产物，以及5863个靶标的446,552种活性记录。NPASS将定期更新，以包括更多的天然产品，这些产品既有物种来源，也有来自最近出版物的定量活性数据。

收录的化合物数据量
35,032(Last updated: October 2017)
网址

http://bidd.group/NPASS/

二.植物天然产物数据库

4数据库名称：KNApSaCK

简介

这是一个描述物种及其代谢产物之间关系的数据库(DB)。KNApSAcK代谢组学的目的是从质谱峰、分子中寻找代谢产物重量和分子式，以及种类。它由KNApSAcK代谢组搜索引擎组成和KNApSAcK核心系统。

收录的化合物数据量
55,886 (Last updated: 2021/02/10)
网址

http://www.knapsackfamily.com/KNApSAcK_Family/

5数据库名称：CMAUP

简介

CMAUP数据库提供5645种有用植物(包括79个国家/地区的2567种药用植物)在646个人类靶蛋白和2473个基因本体、234条KEGG通路，以及它们与656种人类疾病的关系。

收录的化合物数据量

47,645

网址

http://bidd.group/CMAUP/index.html

6数据库名称：TriForC

简介

TriForC是“A pipeline for the discovery, sustainable production and commercial utilisation of known and novel high-value triterpenes with new or superior biological activities”项目的缩写。这是一个由欧盟资助的合作项目，旨在为植物三萜的开发建立一个综合和创新的平台。该数据库将为三萜合成生物学的基因挖掘和基因工具箱的建立提供便利。

收录的化合物数据量

266

网址
http://bioinformatics.psb.ugent.be/triforc/

7数据库名称：Alkamid

简介

Alkamid®是根特大学(（Ghent University）)构建的植物N-烷基酰胺(NAAs)类化合物资源库。用户可以检索特定NAAs的民族药理学数据(传统医学数据)，以及它们的理化性质和植物来源。根据你的输入，搜索页面会给你所有的信息(名字，结构，文献)。

收录的化合物数据量

300

网址
http://alkamid.ugent.be/

8数据库名称：NPACT DB

简介

NPACT是一个具有抗癌活性的植物衍生天然化合物的数据库。它包含1574个条目，每条记录都提供了化合物的结构、性质、癌症类型、细胞系、抑制值(IC50、ED50、EC50、GI50)、分子靶标、商业供应商和药物相似性等信息。NPACT专注于仅在植物中发现的抗癌天然化合物。NPACT在提供这些天然化合物的生物活性对抗不同的癌细胞系及其分子靶标方面是独特的。

收录的化合物数据量
1574

网址

http://crdd.osdd.net/raghava/npact/

9数据库名称：BioPhytMol

简介

BioPhytMol是一个人工收录的具有抗分枝杆菌活性的植物分子和植物提取物的数据库。目前，该数据库共有2582个条目，包括188个植物科(包括692属和808种)和633个活性化合物和植物提取物，鉴定出具有抗25种分枝杆菌的活性。

收录的化合物数据量
633

网址

http://ab-openlab.csir.res.in/biophytmol/index.php

三.中药天然产物数据库

10数据库名称：TCM@Taiwan

简介

TCM@Taiwan (Traditional Chinese Medicine Database@ Taiwan)是目前为止全世界最大可以提供免费下载资料库内的中草药化合物，由于资料库内提供的档案格式是可以直接进行分子对接(docking)和分子动力模拟(molecular dynamics simulation)的，因此他的独特性以及完整性也是目前为止，只有本资料库拥有。目前已完成300种中医药完整成份的收集。

收录的化合物数据量
61,000(Last updated: 2013 July)
网址

http://tcm.cmu.edu.tw/

11数据库名称：少数民族传统中草药数据库

简介

本数据库注重于收集整理中国新疆少数民族的用药经验、所含有效成分及其相关靶点，并利用生物信息学技术进行了传统用药理论与现代疾病的相关性研究。

收录的化合物数据量
4060

网址

http://www.cemtdd.com/

12数据库名称：CHDD

简介

本数据库涵盖了数百种草药，包括每种草药的大量细节，包括最新的科学研究。

收录的化合物数据量
30,000

网址

https://www.meandqi.com/herb-database

13数据库名称：ETCM

简介

ETCM(The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine)全面、规范地记载了中医常用的药材、方剂及其成分。为进一步研究中药的功能和作用机制，ETCM提供了中药成分、中草药和方药的预测靶基因。ETCM还开发了系统的分析功能，使用户可以探索中药、方剂、成分、基因靶点、相关通路或疾病之间的关系或建立网络。ETCM对学术使用是免费的，数据可以方便地导出。

收录的化合物数据量
7284

网址

http://www.tcmip.cn/ETCM/

14数据库名称：TM-MC

简介

TM-MC提供东北亚传统药材的成分化合物信息。这些药材成分化合物的信息是从在MEDLINE和PubMed Central上搜索的色谱文章中手工提取的。

收录的化合物数据量
25,518

网址

http://informatics.kiom.re.kr/

15数据库名称：TCMID

简介

Traditional Chinese Medicine Integrated Database (TCMID)是一个综合性的数据库，提供中医药与现代生命科学之间的信息和桥梁。我们收集了中医各方面的信息，包括方剂、草药和草药成分。我们还收集了现代药理学和生物医学深入研究的药物、疾病的信息。我们用药物靶点或疾病基因/蛋白质连接这两套不同的知识。

收录的化合物数据量
43,413
网址

http://119.3.41.228:8000/tcmid/

16数据库名称：YaTCM
简介

YaTCM(Yet another Traditional Chinese Medicine database)是一个免费的基于网络的数据库，提供全面的中医药信息，并提供分析工具。它含有47696个天然化合物、6220个中药、18697个靶点(含3461个治疗靶点)、1907个预测靶点、390个通路和1813个处方。YaTCM允许用户(1)识别至关重要的潜在的成分通过相似性搜索和子结构搜索中医草药,(2)探讨中药的作用机理或处方通过路径分析和网络药理学分析,(3)预测潜在目标为中药分子multi-voting化学相似性合奏的方法,和(4)探索草对功能相似。所有这些功能可以形成一个系统的网络，对中药配方、草药、成分、确定的或推定的蛋白质靶点、途径和疾病进行可视化。这种web服务有助于揭示中药的作用机制，揭示中医理论的精髓，从而促进药物的发现过程。

收录的化合物数据量
47,696
网址

http://cadd.pharmacy.nankai.edu.cn/yatcm/home

四.微生物天然产物数据库

17数据库名称：StreptomeDB

简介

StreptomeDB是一个储存链霉菌属细菌分离或突变合成的天然产物信息的数据库。这些代谢产物具有多种有趣的生物活性，如抗生素、抗肿瘤或免疫抑制药物等。除了化合物的结构，我们还提供了有关来源生物、参考文献、生物作用、活性和生物合成路线(如聚酮合酶(PKS)和非核糖体肽(NRPs))的信息。

收录的化合物数据量

6524

网址
http://132.230.56.4/streptomedb/

18数据库名称：NP Altas

简介
Natural Products Atlas (NP Atlas)数据库旨在涵盖所有发表的主要科学文献中的微生物来源的天然产物。这包括细菌、真菌和蓝藻化合物，但不包括来自植物、无脊椎动物或其他高等生物的化合物，除非这些化合物也已从微生物来源明确识别。其中包括来自地衣、蘑菇和其他高等真菌的化合物，但海洋大型藻类和硅藻的化合物不包括在内。
收录的化合物数据量

24,594

网址
https://www.npatlas.org

19数据库名称：ProCarDB

简介

ProCarDB是一个人工编制的原核类胡萝卜素数据库。它包含1800多个条目，每个条目都提供了关于类胡萝卜素的重要信息，如结构、类胡萝卜素名称、分子量、分子式、相关分子特性鉴定和表征、SMILES、InChI、InChIKey、IUPAC名称、KEGG Id、PubChem Id、ChEBI Id等。ProCarDB包括从Pubmed、谷歌Scholar、Science Direct和IJSEM上列出的2000多篇文章中手工提取的数据。该数据库还提供了合成类胡萝卜素的途径、酶、编码基因、拥有类胡萝卜素的细菌种类等信息。该数据库由各种在线工具辅助，允许用户检索和分析数据，搜索类似的类胡萝卜素和同源基因/蛋白质。

收录的化合物数据量

304

网址
https://bioinfo.imtech.res.in/servers/procardb/

20数据库名称：PAMDB

Pseudomonas aeruginosa Metabolome Database

简介

PAMDB是一个专业编制的数据库，包含大量铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa，参考菌株PAO1)的代谢组学数据和代谢通路图。PAMDB目前含有4370多个小分子和5695个蛋白质，包括1267个丰富注释的酶和转运体。它也有938条代谢途径。数据库中还包含7790个反应。每一种代谢物都与描述该化合物的各种数据相关联，包括其本体、物理特性、反应、途径、参考文献、外部链接以及相关的蛋白质或酶。

收录的化合物数据量

4370

网址

http://pseudomonas.umaryland.edu/PAMDB.htm

21数据库名称：Lichen Database

简介

地衣占地球陆地表面的8%左右，但它们在北极和亚北极的重要性无人能及。它们是北极食物链的重要组成部分，是极好的气候变化传感器，是对空气质量高度敏感的共生有机体。仅由于这些原因，记录地衣的多样性和分布模式的趋势就具有全球重要性。幸运的是，植物学家在过去已经很好地收集了美国和旧大陆北极的主要区域，这些历史标本可以为整个北极地衣植物区系提供重要的科学基线数据。该门户以虚拟植物区系的形式提供植物标本馆标本数据，包括交互式密钥、彩色照片、物种描述、实时分布图和直接获取完整的标本元数据，以进一步促进对脆弱的北极生物群落内生态复杂性的认识。

收录的化合物数据量

249

网址

https://lichenportal.org/cnalh/

五.海洋天然产物数据库

22数据库名称：MNPD

简介

CMNPD(Marine Natural Product Database)数据库致力于海洋天然产物研究。它提供各种物理化学和药代动力学性质的化学实体信息，标准化的生物活性数据，来源生物的系统分类和地理分布，以及详细的文献引用。

收录的化合物数据量
31,561(Last updated:2020-09-01)

网址

https://www.cmnpd.org/

23数据库名称：Seaweed Metabolite Database

简介

海藻代谢产物数据库是一个开放访问的海藻次生代谢产物数据库，提供化学结构的文本和结构搜索访问。目前该化合物主要来自劳伦红藻，具有丰富的地理来源、提取和生物活性信息。

收录的化合物数据量
1077

网址

http://swmd.co.in/index.php

六.不同国家、地区的天然产物数据库

24数据库名称：IMPPAT

简介

Indian Medicinal Plants, Phytochemistry And Therapeutics (IMPPAT)数据库，通过文献挖掘，然后手工收集信息，收集了50多本关于印度传统医学的专业书籍，7000多篇发表的研究论文摘要和其他现有的数据库资源。

收录的化合物数据量
9596
网址

https://cb.imsc.res.in/imppat/home

25数据库名称：NeMedPlant

简介

NeMedPlant是印度东北地区药用植物的治疗应用和化学成分数据库。该数据库包含关于植物及其活性成分的传统、科学和医学信息，从学术文献和当地来源获得。该数据库与主要生化数据库和分析工具交叉链接。该综合数据库为研究迄今尚未开发的药用植物提供了资源，并有助于加速天然产物药物的发现。

收录的化合物数据量
100

网址

http://bif.uohyd.ac.in/nemedplant

26数据库名称：MedPServer

简介

MedPServer是一个用于识别治疗靶点和天然产物相关的新线索的数据库。

收录的化合物数据量
1124

网址

http://bif.uohyd.ac.in/medserver/.

27数据库名称：TIPdb

简介

这是一个可检索的台湾本地植物的抗癌、抗血小板和抗结核的植物化学物质数据库。这些化学结构也被整合到数据库中，为建立定量构效关系模型提供了良好的机会，用于高通量筛选潜在的抗癌、抗血小板和抗结核药物。

收录的化合物数据量
13177(Last updated:2014-01-29)
网址

http://bif.uohyd.ac.in/nemedplant

28数据库名称：AfroDB

简介

AfroDb是一个已知生物活性的非洲药用植物天然产物数据库。AfroDb是覆盖整个非洲大陆地理区域的最大“类药”和3D结构的天然产物集合，可随时下载并用于虚拟筛选活动。

收录的化合物数据量
954
网址

http://zinc.docking.org/catalogs/afronp/

29数据库名称：ANPDB

简介

African Natural Products Database(简称ANPDB)是由非洲各地区的NP数据库合并而成的数据库。目前，ANPDB包括北非自然产品数据库(NANPDB)和东非自然产品数据库(EANPDB)。其余非洲区域的国家政策数据库仍在建设中和/或尚未纳入非洲国家政策数据库。就我们所知，ANPDB是最大的从非洲大陆本土生物中分离出的NPs数据库。数据内容目前包括数据来源(涵盖1962年至2019年期间)，并来源于一些非洲大学图书馆的主流自然产品期刊以及MSc和PhD论文以及在当地非洲期刊上的精选搜索的文献。数据涵盖了6515种化合物，主要是从1042种来源生物中分离出来的;主要是植物，还有微生物、动物(如珊瑚)和海洋来源。

收录的化合物数据量
6515

网址

http://african-compounds.org/anpdb/

30数据库名称：ETM-DB

简介

ETM-DB是一个免费的在线关系数据库，包含埃塞俄比亚草药、相关化合物和目标基因/蛋白。埃塞俄比亚拥有丰富的植物药物，这些药物长期以来被证明是有用的，特别是在现代医疗保健难以获得的农村地区。据估计，约80%的埃塞俄比亚人口(主要在农村地区)使用传统医学。埃塞俄比亚大约有6500 - 7500种植物，其中估计有12%是埃塞俄比亚特有的。

收录的化合物数据量
4285

网址

http://biosoft.kaist.ac.kr/etm/home.php/

31数据库名称：BIOFACQUIM

简介

BIOFACQUIM是一个免费的新型化合物数据库，包含在墨西哥分离和表征的天然产物。用户可以通过友好的浏览器轻松访问感兴趣的天然产物，探索其化学空间和相关统计值。

收录的化合物数据量
423

网址

https://biofacquim.herokuapp.com/

32数据库名称：NUBBEDB

简介

NuBBE数据库包含了从巴西生物多样性中分离出来的各种天然产物，并提供了化学(代谢类、化学结构、理化性质、常见和IUPAC名称和分子质量)、生物(物种、地理位置、生物活动)、药理和光谱数据(摩尔质量和核磁共振)等信息。(该数据库的核磁数据通过ACD/Labs软件技术预测获得)

收录的化合物数据量
2147

网址

https://nubbe.iq.unesp.br/portal/nubbe-search.html

七.食物天然产物数据库

33数据库名称：FooDB

简介

FooDB是世界上最大、最全面的食品成分、化学和生物学资源。它提供大量营养素和微量营养素的信息，包括赋予食物风味、颜色、味道、质地和香气的许多成分。FooDB中的每个化学条目包含超过100个单独的数据域，包括详细的成分、生化和生理信息(从文献中获得)。这包括化合物的命名、描述、结构信息、化学类别、物理化学数据、食物来源、颜色、香气、味道、生理效应、推定的健康效应(来自已发表的研究)和各种食物中的浓度。用户可以通过食物来源、名称、描述符、功能或集中程度来浏览或搜索食物数据库。

收录的化合物数据量
70926

网址

https://foodb.ca/

34数据库名称：BitterDB

简介

BitterDB是一个苦味分子及其受体信息的中心资源数据库。BitterDB中的信息经常被用于选择合适的配体进行实验研究，开发苦味预测因子，分析受体杂合性等。

收录的化合物数据量
1031

网址

http://bitterdb.agri.huji.ac.il

35数据库名称：Phenol-Explorer

简介

Phenol-Explorer是第一个全面的食品中多酚信息数据库。该数据库包含超过35000条内容，涵盖400多种食物中的500种不同的多酚。这些数据来自于1300多份科学出版物中发现的6万多份原始数据的系统收集。

收录的化合物数据量
508

网址

http://phenol-explorer.eu/

36数据库名称：PhytoHub

简介

PhytoHub数据库收录了人类日常饮食中常见食物中所有的植物化学物质。它汇集了分散在20多个数据库中的数据，以及专家从文献中手工提取的数据，或在协作平台上实验获得的数据。它已被设计用于营养代谢组学和植物性食品及其植物化学物质的健康影响领域。用户可以浏览PhytoHub或通过食物来源、植物化学名称、分子式、单同位素质量或MS/MS片段进行简单查询，以及更高级的查询。

收录的化合物数据量

1200

网址

http://phytohub.eu/

37数据库名称：SuperSweet database

简介

SuperSweet数据库涵盖约8000种天然和人工甜味剂，包括它们的来源、甜度等级、血糖指数、批准年份、预测毒性以及可能的分子靶标等信息。超级甜不仅是现有碳水化合物和人工甜味剂的综合知识库，还包括一个同源的甜味感受器和对接粘合剂。

收录的化合物数据量

约8000

网址

https://bioinformatics.charite.de/sweet/

八.毒性天然产物数据库

38数据库名称：Exposome-Explorer

简介

Exposome-Explorer是第一个致力于暴露于疾病的环境危险因素的生物标记的数据库。它的目标是提供所有已知的暴露于饮食因素、污染物和人口研究中测量的污染物的生物标志物的综合数据。

收录的化合物数据量

916

网址

http://exposome-explorer.iarc.fr/

39数据库名称：T3DB

简介

The Toxin and Toxin Target Database (T3DB),或即将被称为毒物暴露数据库(Toxic Exposome Database)，是一个独特的将毒素详细数据与毒素靶标全面信息相结合的生物信息学数据库。该数据库目前包含了由41,602个同义词描述的3678种毒素，包括污染物、农药、药物和食品毒素，与2073个相应的毒素目标记录相关联。总共有42,374种毒素，毒素靶关联...

收录的化合物数据量

42374

网址

http://www.t3db.ca/

40数据库名称：Snake Neurotoxin Database

简介

蛇毒数据库(SVDB)包含所有关于毒蛇的信息，它们的毒液成分和功能。世界上大约有375种毒蛇。蛇毒是生物活性化合物的丰富来源，其中许多化合物被认为对高血压、糖尿病、细菌或病毒感染、衰老和癌症非常有效。

收录的化合物数据量

不详

网址

https://www.snakevenomdb.org/

41数据库名称：TPPT

简介

Toxic Plants – Phytotoxin (TPPT)数据库是一个多用途、免费使用的数据库，提供瑞士和中欧844种有毒植物及其1586种植物毒素的信息。我们结合植物的生物学信息、空间分布、对人和动物的毒性，以及鉴定信息、分子结构、内硅预测理化性质、对人和水生毒性等化学信息。

收录的化合物数据量

1586

网址

https://www.agroscope.admin.ch/agroscope/en/home/publications/apps/tppt.html

九.天然产物工业目录

42数据库名称：Greenpharma NP library

简介

Greenpharma天然化学库结合了我们在计算和药物化学方面的专业知识，以及生药学方面的知识，为hit/lead的发现创造了多样化和纯化合物的独特来源。为了构建GPN，我们在数据库中收集了15万个天然化合物结构，并使用化学信息工具选择了化学多样性和药物样化合物的子集。

收录的化合物数据量

150,000

网址

https://www.greenpharma.com/products/compound-librairies/#GPNCL

43数据库名称：AnalytiCon Discovery

简介

自2000年以来，AnalytiCon已经分离出大约2万种不同的天然产物。我们以高纯度和完全阐明的化学结构完成了这项工作。AnalytiCon目前提供大约5000种不同的天然产品。每年又有1000种化合物被分离出来，其新颖度约为50%。AnalytiCon天然产物库的特色在于具有高比例的微生物物质。

收录的化合物数据量

39,008

网址

https://ac-discovery.com/purified-natural-product-screening-compounds/

44数据库名称：InterBioScreen

简介

IBS始于1984年开始收集天然产物，到目前为止，数据库已经包括超过68000种化合物。按百分比计算，该数据库包括从植物、微生物、海洋物种等分离出来的严格天然化合物的30—35%;大约40%是天然化合物的衍生物，如改性生物碱、萜类、黄酮类等，其余25-30%是严格的天然化合物的模拟物(类似物)，如偶氮类固醇、偶氮香豆素、偶联异吲哚体系、氧化萜类等。在整个数据库中，植物源化合物占60 ~ 65%;从微生物中分离出5-10%，约5%来自海洋物种，其余来自其他自然来源。

收录的化合物数据量

69,034

网址

https://www.ibscreen.com/natural-compounds

45数据库名称：Indofine Chemical Company

简介

INDOFINE Chemical 公司为科学的进步提供高质量的稀有有机分子，生物化学品和天然产物分子。

收录的化合物数据量

2025

网址

https://indofinechemical.com/catalog-request.aspx

46数据库名称：Pi Chemicals Systems

简介

PI(π)成立于2007年，致力于提供更简单的采购----提供精细化学品、积木、原料药和医药中间体，以及天然产物。

收录的化合物数据量

422

网址

http://pipharm.com/catalog_products/list?category=28

47数据库名称：Specs

简介

Specs提供从植物、真菌、海洋生物、细菌和天然产物衍生物中分离和合成的多样化和独特的天然分子。

收录的化合物数据量

790

网址

https://www.specs.net

48数据库名称：TargetMol

简介

TargetMol的天然产物单体库,包含已知的生物活性天然产物,,是一个功能强大的工具，还创建了几个特色天然产物库，如生物碱类天然化合物库,类黄酮天然化合物库,多酚类天然化合物库、萜类天然化合物库、植物源选择性化合物库、微生物天然产物库、抗炎中药库、抗肿瘤天然产物库、药食同源库。

收录的化合物数据量

6380

网址

https://targetmol.com/library-collection-1/Natural-Product-Libraries

十.用MS数据去重的数据库

48数据库名称：MoNA

简介

MassBank of North America (MoNA)是一个以元数据为中心的、自动收集的数据库，专为高效存储和查询质谱记录而设计。它打算作为一个中心框架代谢物质谱，元数据和相关化合物的协作数据库。MoNA目前包含了约20万份质谱记录，来自实验、计算以及用户所贡献。

收录的化合物数据量

不详

网址

https://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/

50数据库名称：MassBank

简介

MassBank是一个高质量的质谱数据库，旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的额坚定。MassBank包含了代谢物的质谱信息以及采集情况，这些信息来自于不同的质谱仪设置，包括不同的电离技术，例如ESI、EI、 CI、APCI以及MALDI。

收录的化合物数据量

不详

网址

https://massbank.eu/MassBank/

http://www.massbank.jp/

51数据库名称：METLIN

简介

Metabolite Link （Metlin）数据库由The Scripps Institute Gary Siuzdak组于2003年创建， 2005年对公众开放，主要侧重用于液质非靶向代谢组学（Non-targeted Metabolomics）代谢物鉴定领域，目前包括超百万种小分子物质，超431000个高分辨率MS/MS质谱图。该库的主要特征是含有大量代谢物的二级质谱图，而且每个化合物都有多种不同碰撞能的图谱，可以清晰的找到代谢物的碎片离子。用户还可以获得分子量、化学式、化学结构等信息。该数据库的主要缺陷是没有代谢物在生物体中的浓度、代谢通路等信息，也没有临床相关信息，偏重于化学分析。

收录的化合物数据量
961829
网址

https://metlin.scripps.edu

52数据库名称：HMDB

简介

人类代谢组数据库(HMDB)是一个免费提供的电子数据库，包含关于在人体中发现的小分子代谢物的详细信息。主要应用于代谢组学、临床化学、生物标志物发现和普通教育。该数据库旨在包含或链接三种数据:1)化学数据，2)临床数据，3)分子生物学/生物化学数据。该数据库包含114,266个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物，以及丰富的( 1 uM)或相对稀少的( 1 nM)代谢物。

收录的化合物数据量

114,266

网址

https://hmdb.ca/

53数据库名称：YMDB

简介

酵母代谢组数据库(YMDB)是一个酿酒酵母(也被称为面包师的酵母和啤酒的酵母)小分子代谢产物数据库。该数据库包括教科书、科学期刊、代谢重构等电子数据库中描述的代谢物。在确定的实验室条件下的酿酒酵母代谢，以及用于烘焙和葡萄酒、啤酒和烈性酒生产时酿酒酵母产生的代谢物。YMDB目前含有16042个小分子，909个相关酶和149个相关转运蛋白。每个小分子都有48个数据域来描述代谢物、其化学性质，并连接到光谱和化学数据库。每一种酶/转运体都与其相关的代谢物相关联，并有30个数据域来描述基因和相应的蛋白质。

收录的化合物数据量

16,042

网址

http://www.ymdb.ca/

54数据库名称：ReSpect

简介

RIKEN MSn spectral database for phytochemicals (ReSpect)是一个收集植物代谢组学研究文献和内部MSn光谱数据的数据库。现在，共有9017个光谱记录可用。

收录的化合物数据量

9017(last updated：2013.10.02)

网址
http://spectra.psc.riken.jp/menta.cgi/respect/index

55数据库名称：GNPS

简介

Global Natural Products Social Molecular Networking(GNPS)为广大科研团体提供了开放性的知识平台，可以免费共享原始的、处理后的以及鉴定的MS/MS质谱数据，能够加速促进未知化合物的指认。目前，GNPS已经收录了22 644个化合物和235 850个谱图，这些化合物和谱图的来源主要有3个：（1）第3方数据库MassBank、HMDB、ReSpect、NIST（2014）；（2）Dorrestein实验室和Sirenas MD单位采集的化合物和谱图；（3）全球多个科研群体提供的化合物和谱图。GNPS质谱数据库不仅具有鉴定已知化合物（dereplication）、类似物（variable dereplication）和自动分析MN中化合物的功能，还具有对多来源的MS/MS数据进行存储管理及更新数据的功能。

收录的化合物数据量

22,644 (来自2018年报道的数据)

网址
https://gnps.ucsd.edu

十一.用NMR数据去重的数据库

56数据库名称：NMRshiftDB

简介

nmrshiftdb2是一个用于有机结构及其核磁共振(NMR)光谱的NMR数据库(web数据库)。它允许光谱预测(13C, 1H和其他核)以及搜索光谱，结构和其他性质。nmrshiftdb2软件是开源的，数据是在开放内容许可下发布的。

收录的化合物数据量

44,425

网址
https://nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de

57数据库名称：NAPROC-13

简介

一个包含6000多种天然化合物的碳谱数据库，可以快速识别粗提物中的已知化合物，并对未知化合物的结构进行解析。

收录的化合物数据量

6000+

网址
https://c13.materia-medica.net/